刘镇伟说，六年前的《越光宝盒》是恶搞，《大话西游3》才是前两部的延续。故事开头，已经快跟至尊宝喜结连理的紫霞通过月光宝盒回到500年前，刚好目睹了紫霞在婚礼上被牛魔王刺死，于是开始作天作地，为避免惨剧，回到 过去阻止至尊宝爱上自己，方法呢，就是把他拱手让给前女友白晶晶。
为了追回紫霞，至尊宝也穿越到了500年前，看到了观音菩萨在火焰山点化孙悟空一幕，开始怀疑自己的身份：咦， 科幻片里不是说穿越的人不可能看到另一个时空的自己吗？
然后，观音上天向玉帝告猴子的状，处理完公务，一脸威严的玉帝转身变成了大流氓，跟一个神秘人物——嗯，就是这部戏里最关键的人物——抽烟喝酒搞密谋。这个场景在片中还出现了好几次，总之，在玉帝和神秘人物的数次 密谋中，揭开了孙悟空和唐僧的身世之谜！原来唐僧不是春三十娘跟二当家的儿子，而是……孙悟空也不是你们以 为的孙悟空，而是……孙悟空和唐僧的关系，也不是你们以为的单纯师徒，而是……总之，《大话西游》构筑的那 个世界，因为流氓玉帝的存在，已经彻头彻尾变了样！
谈到创作终结篇《大话西游3》的缘由，刘镇伟表示“2年前，在《大话西游》20周年的时候，觉得需要给这个故事画上一个句号”，“前两部留下了很多空白，观众也一直在追问，这一次想要解答所有的疑问，给观众和自己一个 圆满的结局”。
